Если вы обновляете только одну игровую базу (не realm), то сделайте дамп таблиц character_* и guild_*,auctionhouse*, item_instance,mail,mail_item после чего удалите старые табллицы (а лучше всё делать вообще в отдельну базу), после чего удалите залившиеся вместе с новой базой таблицы character_* и guild_*,auctionhouse*, item_instance,mail,mail_item и импортируйте ваш дамп.

Обновление базы Realmd вообще не имеет смысла,так как она не содержит никакой информации относящийся к геймплею, если это требует ревизия Mangos, то вы можете просто имортировать файл обновления...(на всякий случай не забывайте делать копию).